" Gordon, " A Superhero Supercomputer , hilft Schlacht Autismus

    Wenn es offiziell wurde online auf der San Diego Supercomputer Center ( SDSC ) Anfang Januar 2012 war Gordon sofort beeindruckend. In einer Demonstration , anhalt es mehr als 35 Millionen Ein- / Ausgabeoperationen pro Sekunde - dann , einen Weltrekord .

    Eingabe / Ausgabe- Operationen sind ein wichtiges Maß für datenintensive Rechner , was auf die Fähigkeit eines Speichersystems , um schnell zwischen einem Informationsverarbeitungssystem zu kommunizieren, wie zum Beispiel einen Computer und der Außenwelt. Ein- / Ausgabeoperationen festlegen, wie schnell kann ein System nach dem Zufallsprinzip organisiert in großen Datensätzen gemeinsame Daten abrufen und bearbeiten sie durch Data Mining-Anwendungen .

    Rekordfahrt des Supercomputers war keine Überraschung ; schließlich ist Gordon nach einer Comicsuperhelden, Flash Gordon benannt.

    Neue und einzigartige Architektur Gordon beschäftigt massive Mengen von der Art der Flash-Speicher in Handys und Laptops gemeinsam - daher der Name. Das System wird von Wissenschaftlern , deren Forschung bedarf der Bergbau, der Suche und / oder die Schaffung von großen Datenbanken zur sofortigen oder späteren Verwendung , einschließlich der Kartierung Genome für den Einsatz in der personalisierten Medizin und Prüfung Computer Automatisierung -Handel der Wertpapierfirmen an der Wall Street eingesetzt.

    Von der National Science Foundation (NSF) im Jahr 2009 für $ 20.000.000 in Auftrag gegeben , ist Gordon Teil NSF Extreme Wissenschaft und Technik Entdeckung Umwelt oder XSEDE Programm , eine landesweite Partnerschaft mit 16 High-Performance- Computer und High-End- Visualisierung und Datenanalyse -Ressourcen.

    " Gordon ist eine einzigartige Maschine in Advanced Cyberinfrastruktur / XSEDE Portfolio NSF ", sagte Barry Schneider, NSF Programm-Direktor für fortgeschrittene Cyber-Infrastruktur . "Es wurde entwickelt, um wissenschaftliche Probleme , die die Manipulation von sehr großen Daten zu behandeln. Es wird von den meisten anderen Ressourcen differenziert unterstützen wir in einen großen Festkörperspeicher , 4 GB pro Kern , und die Fähigkeit zur Simulation eines sehr großen gemeinsamen Speichersystem mit Software. "

    Im vergangenen Monat , ein Team von Forschern aus SDSC , den USA und dem Institut Pasteur in Frankreich berichtet in der Zeitschrift Genes, Brain and Behavior , dass sie Gordon verwendet werden, um einen neuen Weg zu entwickeln, um eine zeitabhängige Genexpression Prozess im Gehirn beschreiben dass kann verwendet werden, um die Entwicklung von Behandlungsmethoden für psychische Störungen wie Autismus - Spektrum-Störungen und zu führen Schizophrenie .

    Die Forscher haben die hierarchische Baum kohärenter Gengruppen und Transkriptionsfaktor - Netzwerke, die die Muster von Genen während der Entwicklung des Gehirns exprimiert bestimmen. Sie fanden heraus, daß einige "master Transkriptionsfaktoren " in der obersten Ebene der Hierarchie reguliert die Expression von einer erheblichen Anzahl von Gengruppen .

    Die Ergebnisse der Forscher kann für die Auswahl von Transkriptionsfaktoren, die bei der Behandlung von bestimmten psychischen Störungen Zielgruppen könnten verwendet werden.

    "Wir leben in der einzigartigen Zeit, große Mengen an Daten , um Gene , DNA, RNA , Proteine ​​und andere biologische Objekte bezogen wurden extrahiert und gespeichert ", sagte führen Autor Igor Tsigelny , ein Wissenschaftler mit SDSC sowie mit UC San Diego Moores Cancer Center und seine Abteilung für Neurowissenschaften .

    "Ich kann diese Zeit, um eine Situation zu vergleichen, wenn das Eisenerz würde aus dem Boden extrahiert und als gespeichert werden Hämorrhoiden am Boden. Alles was wir brauchen ist , um die Daten zu Wissen zu verwandeln, wie Erz zum Stahl . Nur die Supercomputer und die Menschen , die wissen, was mit ihnen zu tun, wird eine solche Transformation möglich zu machen ", sagte er .

    Diese Forschung ist Teil einer Reihe von hochwertigen Projekten, die bei SDSC mit Gordon durchgeführt.